FİLOCOğRAFYA
  • Ana Sayfa
  • Filocoğrafya Günlüğü
  • İletİşİm

DOĞAL SEÇİLİM İNSAN Y KROMOZOMUNDAKİ ÇEŞİTLİLİĞİ AZALTMIŞTIR.

2/26/2016

0 Comments

 
     Sayres ve arkadaşlarının 2014 yılında yayınlanan çalışması insan Y kromozomdaki çeşitlilik üzerine ilginç sonuçlar ortaya koyuyor. 
     İnsan Y kromozomu şaşırtıcı düzeyde düşük bir genetik çeşitliliğe sahip. Bu durum dişi üreme başarısına göre erkek üreme başarısındaki yüksek varyans nedeniyle, erkeklerin efektif popülasyon büyüklüğünün dişilere göre düşük olmasının bir sonucu olabilir. Alternatif olarak, yeni mutasyonlar üzerine seçilim ve seçilimin meydana geldiği bölge ya da bölgelerin diğer nötral bölgelerle olan bağlantısı, Y kromozomu üzerindeki değişkenliği azaltıyor olabilir.
     Bu çalışmada, X, Y, otozom ve mitokondri DNA’sının yaygın popülasyon genetik simülasyonları ile analizi, Y kromozomundaki düşük varyasyonun nötral model ile ilişkili olmadığını göstermiş. Bununla birlikte, pürifiye edici seçilimin Y kromozomunda gözlenen çeşitlilikle ilişkili olduğu bulunmuş. Ayrıca, seçilimin Y kromozomu ile ilişkili kodlama yapan bölgelere de etki ettiği ortaya konmuş ve seçilim sonucunda zararlı mutasyonların uzaklaştırılması da Y kromozomundaki düşük genetik çeşitliliğe neden olan bir mekanizma olarak gösterilmiş. Yararlı mutasyonlar üzerine seçilim, Y kromozomuyla ilişkili nötral bölgelerdeki çeşitliliği de azaltan bir faktör olarak da tartışılmış.
     Amplikonik bölgelerin fonksiyonel anlamı üzerine çok az şey bilindiği için, bu bulgular bu konuda yapılabilecek araştırmaları kesinlikle motive edecek düzeyde.

​Kaynak:

Sayres ve ark. (2014). Natural Selection Reduced Diversity on Human Y Chromosomes. Plos Genetics. 10: e1004064. Link


0 Comments

ORGANİZMALARIN EVRİMSEL AYAK İZLERİNİN PEŞİNDE . . .

2/22/2016

0 Comments

 
Bir bilim dalının tanımını yapmak bazen zor olabilir. Hele ki söz konusu bilim dalına farklı dallardan da girdi sağlanıyorsa, anlaşılabilir bir tanım ortaya koyabilmek bundan sonrasında yazılı ifadenin gücüne kalır. Multidisipliner bir alan olan filocoğrafya da farklı tanımlarla açıklanabilecek böylesi bir bilim dalı. Mikro ve makro evrimsel bilim dallarından girdi almaya ihtiyacı var. Kısaca, yakın ilişkili türler arasındaki ve/veya tür içindeki soy hatlarının coğrafi dağılımlarını inceleyen evrimsel, istatistiksel ve matematiksel süreçlerin bir bütünü şeklinde tanımlanabilir. Diğer bir şekilde filocoğrafyayı, evrimsel, istatistiksel ve matematiksel süreçlerin oluşturduğu bütünü inceleyen bilim dalı olarak da ifade edebiliriz. 
         Bu tanımı biraz detaylandırmak ve çerçevenin sınırlarını daha açık çizmek istersek filocoğrafyanın, bir türün nötral genetik çeşitliliğinin coğrafi varyasyonunu incelerken, tür içinde nötral genetik belirteçlerle ortaya konan gen-soy hatlarının tarihsel geçmişi hakkında da bilgi sahibi olmamızı sağlayan ve söz konusu gen-soy hatlarının coğrafi dağılımlarını inceleyen bir bilim dalı olduğunu rahatlıkla söyleyebiliriz. İşin içinde dağılım, yani coğrafi bir bileşen olduğu için bu bilim dalını moleküler biyocoğrafya olarak adlandırabilmemiz de mümkün.
         Yakın ilişkili türler arasındaki ya da bir türün kendi içindeki değişkenliği gösterecek şekilde popülasyonlar seviyesinde evrimsel ağaçlar çizerek, tür içinde evrimsel açıdan bağımsız soy hatlarının var olup olmadığını filocoğrafyayı kullanarak test edebilir veya ortaya koyabiliriz. Bu süreç boyunca filocoğrafya parsimoni, maksimum olasılık, genetik mesafenin ölçümü gibi matematiksel ve istatistiksel yöntemlerden yararlanır. Bu sayede özellikle tür içi koruma stratejilerinin geliştirilmesine yönelik biyolojik yaklaşımların şekillenmesine yardımcı olur. Biraz daha detaya inmek gerekirse filocoğrafya, etoloji, demografi ve popülasyon genetiği gibi mikro-evrimsel disiplinler ile tarihsel coğrafya, paleontoloji ve filogenetik biyoloji gibi makro-evrimsel disiplinler arasında adeta bir bağlantı noktası olarak görev yapar.
         Filocoğrafyanın iki önemli bileşeni zaman ve coğrafyadır. Bu bileşenler, tür içi popülasyonlar arasındaki farklılaşma sürecinde önemli role sahiplerdir. Tür içinde ya da yakın ilişkili türler arasında gözlenen genetik farklılaşma olaylarında doğal seçilim her zaman tek başına itici bir güç olarak kabul edilmez; buna karşın zaman ve coğrafya bileşenleri, doğal seçilimden bağımsız olarak söz konusu farklılaşma olaylarında rol alabilirler.
         Tarihsel süreç boyunca birbirinden izole hale gelen popülasyonlar arasındaki gen akışı kısmen ya da tamamen kesintiye uğrayabilir. Böylesi popülasyonlar arasındaki ayrım, seçilim açısından nötral olmayan genler kadar nötral genlerde de kendini gösterebilir. Yani, doğal seçilimden bağımsız süreçler [zaman, mekan ve stokastik (rastlantısal) süreçler] popülasyonların farklılaşmasını şekillendirebilir. Filocoğrafyacılar bu bilgileri kullanarak, tarihsel süreçlerin popülasyon demografisine ne şekilde etki ettiklerini tartışırlar. Elde ettikleri bulgularsa gen tabanlı organizma özelliklerinin, günümüzdeki coğrafi dağılım örüntüleri üzerine bıraktıkları evrimsel ayak izleri olarak tanımlanabilir. Bu açıdan bakıldığında filocoğrafya, doğal seçilimin şekillendirdiği eko-coğrafya perspektifini dengeler nitelikte bir bilim dalı olarak da kabul edilebilir.
         Eko-coğrafi ve filocoğrafi hipotezler her zaman birbiriyle uyumlu değillerdir. Örneğin iki coğrafi popülasyonun uzun zaman önce birbirlerinden ayrılmış olduklarını kabul edelim. Gen soy hatları nötral belirteçlerle ortaya konulduğunda, uygun filocoğrafi analizler bu soy hatları (farklı popülasyonları işaret edebilir) arasındaki tarihsel ayrılma zamanını ortaya koyabilir. Tarihsel olarak birbirinden ayrılmış popülasyonlar genetik adaptasyonlar açısından da farklılaşmaya aday popülasyonlardır; çünkü bu popülasyonlar, divergent seçilime maruz kalabilirler. Nötral belirteçlerle ayrılan popülasyonlar biyolojik çeşitliliğin korunmasında çoğu zaman önemlidirler. Bu durum divergent seçilimle oluşmuş organizma adaptasyonlarının kaynağı olabilir ve doğal olarak da koruma biyologlarının odaklanmak isteyecekleri popülasyonları işaret edebilir.

Okuma önerileri:

Brooks D. R. 1985. HISTORICAL ECOLOGY: A NEW APPROACH TO STUDYING THE EVOLUTION OF ECOLOGICAL ASSOCIATIONS - Link 
0 Comments
    Picture
    © Darwin Online
    Filocografya internet sitesi 
    biyocoğrafya alanında yaptığımız çalışmalar üzerine 
    Türkçe metinler ve ders notlarını içermektedir. Çalışmalarımız hakkında detaylı bilgi almak için lütfen
    bu bağlantıyı  takip edin.

    Dr. Utku Perktaş
    Dergiler
    Ders Notları

    Arşiv

    March 2016
    February 2016
    November 2015
    June 2015

    © Utku Perktaş
Powered by Create your own unique website with customizable templates.
  • Ana Sayfa
  • Filocoğrafya Günlüğü
  • İletİşİm